产研院设立理事会,为产研院发展提供决策咨询。理事会成员由与靖江市有紧密合作的高校院所(南京理工大学、南京工业大学、江苏大学、江苏科技大学、常州大学及中科院理化所、金属所, 简称5+2)领导、靖江市政府分管领导、靖江市有关职能部门负责人担任。

    产研院实行院长负责制,负责产研院的运行和管理。设院长一名,由省派驻靖江市科技镇长团团长(挂任靖江市政府副市长)担任,副院长由科技镇长团副团长、科技局负责人、合作的高校院所科技(产学研合作)部门负责人担任(兼任)。